Il élabore et propose également au gouvernement les orientations ainsi que les objectifs à poursuivre en matière de protection des milieux humides et hydriques, de manière à assurer et mettre en valeur les différents bénéfices résultant de la présence de ces milieux, notamment par leurs fonctions:1° de filtre contre la pollution, de rempart contre l’érosion et de rétention des sédiments, en permettant, entre autres, de prévenir et de réduire la pollution en provenance des eaux de surface et souterraines et l’apport des sédiments provenant des sols;
2° de régulation du niveau d’eau, en permettant la rétention et l’évaporation d’une partie des eaux de précipitation et des eaux de fonte, réduisant ainsi les risques d’inondation et d’érosion et favorisant la recharge de la nappe phréatique;
3° de conservation de la diversité biologique par laquelle les milieux ou les écosystèmes offrent des habitats pour l’alimentation, l’abri et la reproduction des espèces vivantes;
4° d’écran solaire et de brise-vent naturel, en permettant, par le maintien de la végétation, de préserver l’eau d’un réchauffement excessif et de protéger les sols et les cultures des dommages causés par le vent;
5° de séquestration du carbone et d’atténuation des impacts des changements climatiques;
6° liées à la qualité du paysage, en permettant la conservation du caractère naturel d’un milieu et des attributs des paysages associés, contribuant ainsi à la valeur des terrains voisins.